Slovenija-transplant redno sodeluje v evropskih projektih na raziskovalni in izobraževalni ravni, ki obravnavajo področja, kot so ozaveščanje javnosti o darovanju, sodelovanje z mediji, izobraževanje strokovnjakov, izboljšanje donorskih programov, izmenjava organov in tkiv ter sodelovanje med evropskimi državami.

Od 1. januarja 2000 je Slovenija vključena v mednarodno evropsko organizacijo Eurotransplant, od leta 2002 pa deluje v njej kot enakopravna članica. V Eurotransplant je poleg Slovenije je vključenih še sedem evropskih držav, in sicer Nizozemska, Nemčija, Avstrija, Belgija, Luksemburg, Hrvaška in Madžarska. Eurotransplant je neprofitna organizacija, ki skrbi za izmenjavo in dodeljevanje pridobljenih organov v državah članicah ter pokriva področje s 135 milijoni prebivalcev. Skrbi za optimalno porabo razpoložljivih donorskih organov in ob tem zagotavlja dosledno upoštevanje strogih medicinskih in etičnih kriterijev. V organizacijo so vključeni vsi transplantacijski centri, donorske bolnišnice in laboratoriji za tipizacijo tkiv vseh držav članic. Vsaka država članica ima enakopravno možnost sodelovanja pri razvoju smernic za transplantacijsko medicino.